La gouvernance du Croissant Rouge Tunisien est assurée :
• au niveau national par un comité central composé de 16 membres élus tous les 3 ans par les représentants régionaux
• au niveau de chaque gouvernorat par un comité régional composé de 9 membres élus tous les 3 ans par les représentants locaux
• au niveau de chaque délégation par un comité local composé de 9 membres élus tous les 3 ans parmi les volontaires du comité.
Tous les membres de ces comités sont des bénévoles élus pour un mandat triennal.
Par ailleurs, il y a au niveau central :
• une administration qui assure les fonctions : administrative, sociale, financière, comptable et logistique
• et un département national de soutien aux programmes qui est l’organe technico-administratif du comité central.